اخیراً مصرف قلیان رواج بسیاری یافته و در بین همه اقشار جامعه، به ویژه جوانان به عنوان وسیله‌ای مرسوم قلمداد می‌شود. قلیان می تواند دهها برابر مضرتر و مخرب تر از سیگار باشد و آسیب های زیادی به افرادی که آن را استعمال می کنند داشته باشد .
از جمله مهمترین مضرات دود قلیان می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:
سرطان ( لثه، ریه، معده و حنجره(
از کارافتادگی کامل ریه
ناباروری
کاهش وزن نوزاد در زنان باردار
تمامی موارد بالا برای افرادی که صرفاً در معرض دود قلیان قرا می‌گیرند (دود دست دوم) نیز صادق است.
یکی از جمله موارد مهمی که حتما باید مد نظر گرفته شود اینست که شیلنگ آلوده قلیان عامل مهمی در انتقال بیماری‌ها محسوب می‌شود. از میان پنج نوع هپاتیت کشف شده، نوع آ و ب را می‌توان مستقیماً به مصرف قلیان ربط داد.
همچنین این عقیده که قلیان می‌تواند به عنوان جایگزین مناسب سیگار مورد استفاده قرار گیرد، اساساً اشتباه است.
تنباکوی قلیان درست به اندازه توتون سیگار حاوی مواد سمی است، با این تفاوت که هر یک سر قلیان (مصرف حدود یک ساعت) که تقریباً با 200 کام همراه است، 150 برابر هر سیگار دود وارد ریه‌ها می‌کند. در واقع هر یک ساعت مصرف قلیان معادل مصرف 100 نخ سیگار است. از طرفی، قلیان 25 برابر سیگار قطران دارد!
بر خلاف تصور عمومی که عده‌ای معتقدند وجود آب قلیان جلوی مواد مضر و سمی آن را می گیرد، بیشتر این مواد سمی از جمله نیکوتین و خاکستر وارد ریه می شوند و به خاطر دَم‌های عمیقی که فرد برای جذب دود می زند، تخریب‌های جدی به حبابچه‌های ریه وارد می شود.
همچنین به دلیل مرطوب بودن راه‌های هوایی و مجرای خروج دود، قلیان می تواند عامل مهمی جهت رشد میکروب ها و قارچ ها باشد و این میکروب‌ها و قارچ ها به راحتی توسط دود، وارد دستگاه تنفس شده و ایجاد عفونت های مزمن می کند.